С первых дней войны все государственные органы Абхазии под руководством партийных органов занялись непосредственно вопросами обороны страны.
Началась перестройка страны на военный лад. 22 июня Президиум Верховного Совета СССР принял Указ «О мобилизации военнообязанных по ряду военных округов», в том числе по Закавказскому округу. Мобилизация граждан по республике проходила организованно, в полном соответствии с мобилизационным планом.
В те дни в военкоматы Абхазии стали поступать сотни заявлений молодых граждан с просьбой отправить их на фронт. Только за три первых дня войны в военно-учетный стол Акармарского поселкового Совета поступило до 300 заявлений с просьбой об отправке на фронт. Из них 40% заявлений было подано девушками. С 4 по 19 июля 1941 года в военкоматы Абхазии поступило 5974 заявления граждан с просьбой отправить их на фронт. Часто 16-17-летние патриоты завышали свой возраст, чтобы попасть на фронт. Так, например, поступил комсомолец из села Лыхны Мсас Чичба, который самоотверженно воевал на фронтах Великой Отечественной войны.
Двадцать два воина, которых взрастила и воспитала Абхазия, стали в годы Великой Отечественной войны Героями Советского Союза. Трое уроженцев Абхазии стали полными кавалерами Орденов Славы трех степеней.
Абхазский историк Валико Пачулия в своей книге «Абхазия в Великой Отечественной войне» отмечает, что научный интерес представляет число призванных и погибших на фронтах войны лиц абхазской национальности. Однако изучение этого вопроса в советское время не поощрялось, поэтому оно находится в начальной стадии.
По подсчетам Пачулия, в годы войны в рядах Советской армии и Военно-морского флота сражалось 15,5 тысяч абхазов, что составляет свыше 28% от общей численности народа.
В своем труде историк отмечает, что высокая военно-мобилизационная разнарядка исходила из политики Берия и его приспешников, стремившихся таким образом расправиться с абхазским народом. К тому же в Абхазии мобилизация шла в основном в сельских районах, где и проживали Абхазы. Кроме того, на абхазов не распространялся малоизвестный приказ Народного комиссара обороны СССР И. В. Сталина об ограничении мобилизации представителей некоторых народов в связи с их малочисленностью, куда попадали и отдельные грузинские этнические группы.
По подсчетам Пачулия, основанным на данных из алфавитных книг военкоматов 1941-45 гг. и личных карточек призывников, число погибших и пропавших без вести абхазов составило 5,5 тысяч человек.
Сыны и дочери абхазского народа отважно сражались на фронтах Великой Отечественной войны. В основном они воевали в сухопутных войсках. Достойно они были представлены и в Военно-воздушных силах. Немало замечательных страниц в летопись войны вписали летчики Виктор Аргун (первый абхазский летчик), Михаил Аршба, Темур Язычба, Шамиль Акусба, Шамил Палба и другие.
Немало абхазов служили в Военно-морском флоте. Например, командир судна Ражден Барциц за проявленный героизм во время высадки десанта в районе горы Митридат у Керчи был удостоен звания Героя Советского Союза.
Абхазы принимали участие во всех стратегических, фронтовых и армейских операциях Великой Отечественной войны. Они героически сражались под Москвой, при защите городов-героев Ленинграда, Сталинграда, Одессы, Севастополя, Новороссийска, при обороне родного Кавказа, за освобождение территории России, Украины, Белоруссии, Молдавии, Литвы, Латвии, Эстонии, стран Центральной и Юго-восточной Европы, принимали участие в разгроме врага в самой Германии.
Четверо абхазов стали Героями Советского Союза, это – Владимир Харазия, Варлам Габлия, Ражен Барциц, Ясон Кокоскерия. А Иван Ванача – полным кавалером орденов Славы. Если сопоставить численность народа с количеством Героев, абхазы находятся на пятом месте.
При этом Пачулия подчеркивает, что ряд воинов абхазской национальности не получили звания Героя СССР, хотя и были представлены к высшей степени отличия.
Можно приравнять к Героям Советского Союза Владимира Пачулия, повторившего подвиг Александра Матросова, летчика-штурмана Киазыма Агрба, лучшего разведчика дивизии Энвера Бугба (Бганба) и других.
Бессмертные подвиги совершали участники партизанского движения или движения Сопротивления. В их числе бесстрашный партизан Хинтруг Мхонджия под именем «Иван-абхазец», комиссар партизанского соединения Нестор Чичба, командир партизанского отрада «За родину», а затем начальник штаба соединения Заабет Царгуш, начальник разведки и контрразведки Барановичского партизанского соединения Давид Зухба, активный участник антифашистского подполья в Берлине Николай Воуба и другие.
Накануне войны сотни абхазов были офицерами, а в ходе войны многие стали ими.
Абхазский народ всегда гордится мужеством своих дочерей. В годы Великой Отечественной войны многие абхазские девушки 18-20 лет ушли на фронт. В их числе были: Валя Курмазия, Феня Джинджолия, Лида Тарба, Макбулия Адлейба, Женя Гарцкия, Надя Герия, Шура Дзидзария, Надя Инал-пха, Вера Бения, Таня Багателия, Шура Акусба, Ольга Арнаут, Галина Лакрба, Надя Смыр, Галина Аблотия, Татьяна Мамацева, Александра Мамацева, Вера Озган, Марица Барцыц, Анна Гезердава, Матрёна Кутарба, Шура Алания, Маша Гунба, Ольга Конджария, Женя Лакоба, Валя Ашхацава, Татьяна Папаскири, Лидия Эшба, Анна и Леля Шакрыл, Вера Шакая, Мария Халваш и другие.
В боях за Родину отличилась первая лётчица-абхазка Мери Хафизовна Авидзба. Мери училась в Ленинградской военно-медицинской академии. Когда началась война, она добровольно ушла на фронт, как многие её сверстники. В армии стали готовить М. Авидзба в качестве пилота. С декабря 1942 года она стала самостоятельно летать на самолёте У-2 и приняла участие в боевых действиях. Летала штурманом звена 46-го гвардейского ночных бомбардировщиков авиационного Таманского полка.
Героизм на фронтах спас абхазский народ от депортации, не поднялась рука Сталина подписать приговор целому народу.
С началом боевых действий в горах Абхазии на территории республики срочно было развернуто большое количество эвакогоспиталей для лечения раненых бойцов. Всего за годы войны в Абхазии было развернуто 46 госпиталей различного назначения, в том числе эвакогоспитали.
В годы войны местные органы Абхазии совместно с военными комиссариатами и общественными организациями проводили большую работу, связанную с подготовкой резервов Красной армии.
Государственный Комитет Обороны 17 сентября 1941 года принял постановление «О всеобщем обязательном обучении военному делу граждан СССР», согласно которому мужчины в возрасте от 16 до 50 лет должны были без отрыва от производства изучать военное дело. С 1 октября 1941 года во всех районах Абхазии приступили к занятиям по всеобучу. Созданные в годы Великой Отечественной войны Комитеты по делам физкультуры и спорта при исполкомах городских и районных Советов Абхазии проводили большую работу по физической подготовке будущих бойцов Красной Армии. Осенью 1942 года в период боевых действий в горах Абхазии Комитет готовил бойцов-альпинистов.
С самого начала войны особое внимание властями уделялось подготовке населения к противовоздушной и противохимической обороне. В соответствии с постановлением Совнаркома СССР от 2 июня 1941 года «О всеобщей обязательной подготовке населения к противовоздушной обороне» местные власти, руководители предприятий и учреждений Абхазии приступили к организации учебных групп по подготовке населения к противовоздушной и противохимической обороне в возрасте от 16 до 60 лет. Всего за время войны по республике прошли подготовку 149 349 человек.
За время войны в Абхазии была проведена огромная работа по укреплению системы местной противовоздушной обороны. В городах и посёлках были созданы штабы МПВО с соответствующими службами и командами.