Шота Хичович Салакая родился 18 июля 1933г в селе Тхина Очамчирского района. Окончив школу-восьмилетку в родном селе и Сухумское госпедучилище (абхазский сектор), в 1952 году Шота Салакая поступает на филологический факультет Сухумского госпединститута имени А.М. Горького. Его увлеченность наукой, исключительная работоспособность и бесспорный дар исследователя были замечены. За отличную учебу и активную общественную и творческую деятельность ему была назначена Ленинская стипендия. Он печатался в республиканских газетах и журналах, а его научная работа появилась в таком солидном издании, как "Труды АбИЯЛИ" (1956 г.).
В том же 1956 году Ш.Х. Салакая поступил в аспирантуру при Институте истории грузинской литературы имени Ш. Руставели по специальности "фольклористика". Его педагог, выдающийся филолог прошлого столетия Елена Багратовна Вирсаладзе назвала молодого ученого из Абхазии одним из самых талантливых своих учеников.
В 1965 году Шота Салакая защитил кандидатскую диссертацию на тему "Основные виды абхазского героического и исторического эпоса", а в 1999 году в Институте мировой литературы имени А.М. Горького РАН — докторскую диссертацию.
С 1959 года и до конца жизни Шота Салакая работал в Абхазском институте языка, литературы и истории имени Д.И. Гулиа ( ныне в Абхазском институте гуманитарных исследований имени Д.И. Гулиа АНА).
Исследовательский диапазон Шоты Салакая очень широк. В круг его научных интересов входили различные отрасли абхазоведения – фольклор (прежде всего его эпические жанры), история литературы, литературная критика – в широком сопоставлении с аналогичным творчеством народов Северного Кавказа, в первую очередь абазин и адыгов.
С 1959 г. — младший, с 1968 г. — старший научный сотрудник.
В 1977–1988 гг. — ученый секретарь Абхазского института языка, литературы и истории им. Д. И. Гулиа.
С 1992 г. — ведущий, главный научный сотрудник Абхазского института гуманитарных исследований им. Д. И. Гулиа АН Абхазии. Одновременно, с начала 1960-х гг. Салакая читал лекции по абхазскому фольклору и литературе (с 1990-х гг. и по литературам Северного Кавказа — абазинской, адыгской и др.) в СГПИ (ныне — Абхазском государственном университете).
В 1968–1978 гг. — читал курс лекций по абхазской литературе в Тбилисском государственном университете, а в 1968 и 1972 гг. — в Литературном институте им. А. М. Горького в Москве.
В марте 1999 г. в Институте мировой литературы им. А. М. Горького РАН защитил докторскую диссертацию (в форме научного доклада) «Эпическое творчество абхазского народа». С 2000 г. — главный ученый секретарь Президиума АН Абхазии, затем академик-секретарь этой же академии.
С 2005 г. — председатель Комиссии Правительства Республики Абхазия по присуждению Государственной премии Абхазии им. Г. А. Дзидзария в области науки.
Шота Салакая внес значительный вклад в абхазскую фольклористику, в дело собирания, публикации и исследования произведений устного народного творчества. Он составитель книг на абхазском языке: «Абхазское народное поэтическое творчество. Хрестоматия» (Тбилиси - Сухуми, 1975), «Абхазский фольклор» (Сухум, 2003), один из составителей (совместно с А. А. Аншба, С. Л. Зухба) сборника «Устные рассказы и песни абхазов» (Сухуми, 1970). Он автор большого количества научных статей, посвященных абхазскому фольклору, а также двух монографий: «Абхазский народный героический эпос» и «Абхазский нартский эпос». Ряд его статей («Абрыскил», «Ажвейпш», «Нарджхеу», «Нарты», «Сасрыква» «Сатаней-Гуаша», «Хважарпыс», «Цвицв») опубликован в энциклопедии «Мифы народов мира» в 2-х томах (М., 1980–1982).
Салакая известен и как литературовед и критик. Его литературоведческие и литературно-критические статьи и ряд книг посвящены вопросам фольклорных истоков и истории национальной литературы, абхазско-адыгским, абхазско-грузинским и другим литературным и культурным связям, творчеству многих абхазских писателей: Д. Гулиа, И. Когониа, Дз. Дарсалиа, С. Чанба, М. Хашба, И. Папаскира, К. Чачхалиа, Б. Шинкуба, К. Агумаа, Ч. Джонуа, А. Джонуа, Ш. Цвижба, И. Тарба, А. Ласуриа, А. Аджинджала, К. Ломиа, А. Гогуа, Ш. Аджинджала, Г. Гублиа, М. Ласуриа, Ш. Чкадуа, Б. Гургулиа; ученым Х. С. Бгажба, В. Л. Цвинариа, С. Л. Зухба и др.
Статьи Салакая печатались в журналах: «Алашара» («Свет»), «Акуа–Сухум», «Юность»; газетах: «Апсны капш» («Красная Абхазия»), «Апсны», «Советская Абхазия», «Ецваджаа» («Созвездие»); в «Известиях АбИЯЛИ»; «Ученых записках Адыгейского НИИ. Серия фольклораи литературы»; в разных выпусках сборника литературно-критических статей «Ажвеи аамтеи» («Слово и время») и др.
Ш. Салакая один из авторов трудов: «Абхазская литература. Краткий очерк» (Сухуми, 1968), «Очерки истории абхазской литературы» (Сухуми, 1974), «История советской многонациональной литературы» в 6 томах (т. 5; М., 1974), «Абхазская литература. Краткие очерки» (Тбилиси, 1975; на груз. яз.) и др.
Он также внес значительный вклад в составление школьных учебников и программ по абхазской литературе. С 1960-х гг. он участвовал в подготовке к изданию хрестоматий по литературе для 6, 7, 10, 11 классов.
Известно, что Ш. Салакая изредка обращался к художественному творчеству. Он, например, автор рассказа «Мой друг Шханыква», опубликованного под псевдонимом «Шьакар-ипа Ш.» в 1962 г. в журнале «Алашара» (№ 5).