Учился в церковно-приходской школе, а затем в родном селе окончил двухклассную школу. С детства был весьма способным.
Окончил Тифлисское духовное училище, где учился в 1905—1910 годах. Затем там же поступил в духовную семинарию, откуда в 1911 году был исключён за революционную пропаганду.
В 1911 году приехал в Батум, где занимался самообразованием и репетиторством, позже устроился санитаром в городскую управу. В сентябре 1912 года вступил в РСДРП(б). Вёл партийную работу в Аджарии. Будучи вынужденным покинуть её, некоторое время находился в Абхазии, а затем в Грозном. Там он работал в отделении Волжского-Камского банка.
В мае 1915 года экстерном окончил Грозненское реальное училище. В 1916 году приехал в Харьков и поступил на юридический факультет Харьковского университета, однако был вынужден оставить учёбу и вернулся в Абхазию. Там устроился чертёжником на строительстве железной дороги и к концу 1916 года основал большевистскую организацию. В апреле 1917 года в родном селе Лыхны на крестьянском сходе был избран гудаутским участковым комиссаром. В мае 1917 года – делегат 1-го Кавказского краевого съезда Советов.
В декабре 1917 года Лакоба организовал крестьянскую боевую дружину «Киараз» и и возглавил её.
В 1918 году являлся одним из руководителей восстания против грузинского меньшевистского правительства, заместителем председателя Сухумского военно-революционного комитета, организатором партизанского отряда. В конце 1918 года меньшевистским правительством заключён в тюрьму в г. Сухум, весной 1919 года выслан за пределы Грузии.
В 1920 году по поручению Кавказского бюро ЦК РКП(б) руководил нелегальной большевистской организацией в оккупированном английскими войсками Батуми, был уполномоченным Кубано-Черноморского ревкома по делам горцев.
По личному поручению Ленина вместе с Ефремом Эшба ездил в Турцию. Там они находились с декабря 1920 г. по март 1921 г. и активно участвовали в подготовке договора между Национальным собранием Турции (Кемалем Ататюрком) и РСФСР на выгодных для РСФСР условиях. После этой поездки Нестора Лакоба рекомендовали послом РСФСР в Турции.
По утверждению историка Станислава Лакобы, Нестор Лакоба назвал своего сына Рауфом (1922—1941) в честь Рауфа Орбая].
6 марта 1921 г. в Сухуме был сформирован высший законодательный и распорядительный орган власти — Ревком Абхазии в составе Ефрема Эшба (председатель), Нестора Лакоба и Николая Акиртава. Лакоба — заместитель председателя ревкома Абхазии, нарком военно-морских сил Абхазского правительства.
В 1921 году Лакоба вступил в брак с Сарие Джих-оглы, в доме родителей которой он скрывался в 1920 году от английских оккупационных властей.
С 1922 г по 1930 г, Лакоба был председателем Совета Народных Комиссаров Абхазии.
В 1930 году в Абхазии был упразднен Совет народных комиссаров. Нестор Лакоба был избран председателем Центрального исполнительного комитета республики и проработал на этом посту до самой смерти в 1936 г.
В 20-30-е гг. XX века в Абхазии произошли значительные экономические и культурные преобразования. Нестор Лакоба творчески подходил к решению проблем, принимал во внимание местные особенности, менталитет народа. Так, он не скрывал своего неприятия колхозов и коллективизация здесь не носила насильственный характер. В отличие от других районов СССР в республике этот процесс завершился гораздо позже, в 1937 году, после гибели Нестора. Он прямо говорил: "Не нажимать на колхозы", считая, что "кулака у нас нет, а потому вопрос о ликвидации кулака как класса отпадает".
Такая необычная политика шла вразрез со сталинским планом преобразований. Сталин в 1929 г. критиковал Нестора за его не большевистскую политику, так как Лакоба опирался "на все слои абхазского населения" и находил "возможным иногда не подчиняться решениям обкома". Достаточно сказать, что заседания обкома партии проходили в кабинете главы правительства Абхазии... Да и план по уничтожению троцкистов Нестором фактически игнорировался, - и это в то время как в других республиках были репрессированы тысячи его сторонников.
Н. Лакоба воспринимался как народный вождь. Он принимал людей не только в совнаркоме или ЦИКе, но и прямо на улице, в кофейнях, по дороге домой. Когда ему подарили волчонка - можно было видеть как "волк Нестора" сопровождал его в прогулках по городу. К нему приходили старики и беспризорники, табаководы и беглые абреки. Он свободно общался с людьми, обладал большим чувством юмора. На одном из совещаний Лакоба говорил: "Мы организовали Совнархоз. К нам приходят крестьяне и спрашивают: кто такой совнархоз - абхазец или мингрелец?"
При нем открывались абхазские, русские, греческие, армянские, эстонские, лазские национальные школы, газеты, техникумы, театры...
Нестор помогал даже местным князьям и дворянам, которые оказались в затруднительном материальном положении. Это вызывало недоумение у представителей власти.
В этот период, особенно в 1921-1931 гг., Абхазию называли "счастливой Аркадией". Многие поэты, писатели, режиссеры приезжали сюда и даже нашли здесь убежище и приют. Среди них: К. Паустовский, В. Каменский, З. Рихтер, С. Есенин, В. Шершеневич, М. Шагинян, М. Горький, А. Белый, И. Бабель, М. Булгаков, О. Мандельштам, Н. Фореггер, П. Павленко, В. Шишков...
Сухум отстраивался великолепными конструктивистскими зданиями архитекторов В.Щуко и В.Гельфрейха. Открылись крупнейшие научные центры - Всесоюзный институт экспериментальной медицины (ВИЭМ), Всесоюзный институт растениеводства (ВНИИР), Абхазское научное общество (АБНО), отстраивался индустриальный гигант - шахтерский город Ткварчал...
Тесная дружба связывала Нестора с академиками Н. Вавиловым и Н. Марром.
Частыми гостями Абхазии были Л.Троцкий, И. Сталин, Л. Каменев, Г. Зиновьев, Н. Бухарин, А. Рыков, В. Молотов,Ф. Дзержинский, А. Микоян, Г. Ягода, С. Орджоникидзе, М. Орахелашвили, С. Буденный, В. Блюхер, К. Ворошилов, М. Тухачевский, М. Калинин, С. Киров, Я. Рудзутак и многие другие.
«Нестор Лакоба — первый хозяйственник замечательной Абхазской республики. В лице его настороженность и озабоченность: «Методы, методы нужны другие. Разве можно подходить ко всем явлениям одинаково?..» Тов. Лакоба беспрерывно разъезжает по Абхазии, думает, работает, ищет людей, вычисляет и почти никогда не бывает доволен достигнутыми успехами», - писал Ефим Зозуля в журнале «Огонёк» в 1934 году.
Лакоба способствовал выдвижению Берия с чекистской на партийную работу, его переходу в конце 1931 года с должностей председателя Грузинского и Закавказского ГПУ на пост сначала второго, затем (с конца 1932 года) первого секретаря Закавказского крайкома ВКП(б) и 1-го секретаря ЦК КП(б) Грузии. Однако уже на следующий 1932 год отношения Лакобы и Берия разладились.
Лакоба стремился к отделению Абхазии от Грузии, её включению в состав РСФСР.
Конец 1935 года отмечается большим вниманием Сталина к Лакоба, ему предлагают переехать на работу в Москву, но он отказывается. По утверждению историка Станислава Лакоба, Н. А. Лакобе предлагался пост наркома внутренних дел, который занимал тогда Г. Г. Ягода, и это предложение Сталина оставалось актуальным до августа 1936 года.
Лакоба присутствовал на Чрезвычайном VIII Всесоюзном съезде Советов (25 ноября — 5 декабря 1936), принявшем новую Конституцию СССР, после чего задержался в Москве.
Спустя несколько дней после возвращения в Абхазию он был срочно вызван в Тбилиси на собрание партийного актива, куда выехал вечером 26 декабря. Лакоба остановился в гостинице «Ориент». Утром 27 декабря у Лакоба с Берия произошёл конфликт, после чего он вернулся в свой номер в гостинице. Вечером позвонила мать Берии и попросила Лакобу прийти на ужин, после чего Лакоба и Берия с супругой поехали в театр. После первого акта Лакоба покинул театр, так как ему стало плохо. Его привезли в гостиницу, где он и умер. Ряд исследователей считает, что во время ужина в доме Берии Лакоба был отравлен. Утверждают, что перед смертью Лакоба назвал Берия своим убийцей
По свидетельству Давлета Кандалия, шофёра-охранника Нестора Лакобы с 1933 года, находившегося вместе с ним и в день его гибели: «27 числа его пригласили в дом Сухишвили… Я его туда привез. Он мне говорит: „Езжай в гостиницу. Жди моего звонка“. Я вернулся в гостиницу, никаких звонков очень долго не было. Наступил поздний вечер. Вдруг его на руках вносят. Всего грязного… Я Лакобу разными простынями вытер, переодел. Тут он глаза открывает, знак рукой делает. Я к нему подошёл. А он мне имя убийцы шепчет».
Согласно правительственному сообщению, «28 декабря 1936 г. в 4 часа 20 минут утра в Тбилиси от сердечного приступа скончался председатель ЦИК Абхазской АССР Н. А. Лакоба». В тот же день с ним состоялось прощание в Тбилиси, а вечером тело было отправлено поездом в Сухуми.
«Скоропостижно скончался старый, испытанный большевик, неутомимый руководитель социалистического строительства Абхазии товарищ Нестор Аполлонович Лакоба», — сообщала «Правда» 29 декабря 1936 года.
Тело Лакоба привезли в Сухуми 1 января 1937 года. Отмечается, что во время первого вскрытия в Тбилиси из трупа были удалены внутренности. Утверждается, что Иван Григорьевич Семерджиев, личный врач Лакоба, бывший нарком здравоохранения Абхазии, после вскрытия тела сделал заключение, что тот отравлен цианистым калием.
Лакоба устроили торжественные похороны в Сухуми, на которые собралось свыше десяти тысяч человек.
Некоторое время спустя Лакоба был объявлен «врагом народа». Его обвинили в том, что в 1929 г. он помог Л. Троцкому, которого ранее принимал в Абхазии в 1924 и 1925 годах, бежать из Сухума в Турцию.
Лев Троцкий в своих «Портретах революционеров» вспоминал о Лакоба: «Это был совсем миниатюрный человек, притом почти глухой. Несмотря на особый звуковой усилитель, который он носил в кармане, разговаривать с ним было нелегко». Троцкий также отмечал, что никогда не вёл с ним «политических бесед», характеризовал его как «человека большого мужества, большой твёрдости».
С объявлением его врагом народа в одну из ночей его тело было перезахоронено из Ботанического сада на Михайловское кладбище.
Был арестован и младший брат Н. Лакоба — Михаил (зам. наркома внутренних дел Абхазии); впоследствии расстрелян. Вскоре были репрессированы супруга Нестора Лакоба — Сария Лакоба (Джих-оглы) и их четырнадцатилетний сын Рауф, а также все близкие родственники Нестора и Сарии. Рауф был расстрелян в Бутырской тюрьме 28 июля 1941 г.
Лакоба был реабилитирован посмертно.